Biogenouest

Biogenouest, anciennement OUEST-genopole, est le réseau des plates-formes en sciences du vivant du Grand Ouest.

Biogenouest est issu d'un programme stratégique pour l'enseignement supérieur et la recherche, ainsi que pour le développement économique dans les quatre domaines d'activité Mer, Agro, Santé et Bio-informatique.

Biogenouest associe les grands organismes de recherche (Afssa, CNRS, Ifremer, Inra, Inria, Inserm, loi Pinel Rennes), les 5 universités de l’Ouest, ainsi que les organismes associés (CHU, grandes écoles...).

Plus de 50 unités de recherche composent le réseau, soit quelque 2000 personnes dont 800 chercheurs et enseignants-chercheurs.

Biogenouest est soutenu par les Régions Bretagne et Pays de la Loire, le Ministère de la Recherche et l'Union Européenne.

Dans une logique de complémentarité et de mutualisation interrégionale, Biogenouest coordonne 16 plates-formes technologiques sur les deux régions Bretagne et Pays de la Loire.

Ces plates-formes regroupent les compétences et les équipements autour de 4 axes technologiques : Génomique, Protéomique, Exploration fonctionnelle et Bio-informatique.

Biogenouest a pour mission de soutenir la recherche en sciences du vivant et la création de nouvelles entreprises de biotechnologie.

Ses objectifs :

Mutualiser les ressources et les compétences Participer de manière collective à l’évolution technologique Participer à des programmes de recherche européens Attirer des chercheurs

L'originalité de Biogenouest réside dans le domaine Mer, avec la coordination jusque fin 2008 du Réseau d'excellence Marine Genomics Europe et l'inscription récente sur la feuille de route ESFRI du projet Molecular biological resource centre (EMBRC) qui s'inscrit dans la dynamique de MGE, mais également l'implication de certaines équipes dans l'axe valorisation des produits de la mer du Cancéropôle Grand Ouest.

Biogenouest est partenaire des pôles de compétitivité bretons et ligériens : Atlantic Biotherapies, Pôle Mer Bretagne, Valorial et Végépolys.

Domaines scientifiques

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LES 4 DOMAINES DE RECHERCHE

OUEST-genopole affiche 4 domaines de recherche : Mer, Agro, Santé et Bio-informatique. Cette pluralité est favorable aux approches transdisciplinaires et en adéquation avec les orientations du tissu économique interrégional. De plus, elle permet de renforcer les liens déjà créés entre les différentes équipes de recherche.

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L'intégration des domaines Mer, Agro et Santé est vécue comme un avantage et une réussite, car elle permet d'appréhender les questions de génomique et de post-génomique au niveau de l'ensemble du vivant. Quant à la Bio-informatique, elle est à la fois un service transversal et un domaine de recherche à part entière.

Dans le réseau des génopoles, le domaine Mer fait l'originalité de OUEST-genopole, avec le lancement du Réseau d'excellence "Marine Genomics Europe" et l'implication de certaines équipes dans l'axe "Valorisation des produits de la mer" du Cancéropôle Grand Ouest.

PROJETS FÉDÉRATEURS

Grâce à la mise en commun des outils et des compétences, l’Ouest peut réaliser des programmes de biologie à grande échelle et participer ainsi à des projets moteurs de niveau international. Pour accompagner les équipes dans leur visée d’excellence, OUEST-genopole met à disposition les moyens technologiques et les compétences, encourage les collaborations et incite à participer à des projets européens et internationaux. Dans cet objectif, les chercheurs sont invités à mettre en place des projets fédérateurs et une animation scientifique. Projet "Vectorisation non virale"

Coordinateur : Pierre LEHN

Mise en commun de compétences diversifiées du Grand Ouest (de la chimie de synthèse à la biologie cellulaire et la physiologie) et de moyens modernes et conséquents (ex. imagerie par bioluminescence pour les études d’efficacité in vivo).

Objectif du projet :

Favoriser les synergies des équipes pour accroître les connaissances en transfert de gènes dans les domaines Mer, Agro et Santé Résumé - Ce projet concerne la vectorisation d'acides nucléiques à l'aide de vecteurs synthétiques. Le transfert d’acides nucléiques est devenu un important outil de la recherche biologique de façon générale. De plus, ses applications biotechnologiques font l’objet de nombreuses études, en particulier dans le cadre de la thérapie génique en raison d’importants enjeux de santé publique. Les méthodes actuelles de transfert de gènes peuvent schématiquement être subdivisées en méthodes virales et physicochimiques dites "non-virales". Dans le cadre du Grand Ouest, diverses équipes ont d’ores et déjà développé une série de vecteurs originaux, dont l’ensemble recouvre les divers types de vecteurs actuels. La réunion des compétences existantes au niveau du Grand Ouest devrait donc permettre une visibilité encore plus importante dans ce domaine particulièrement compétitif des biothérapies innovantes.

Le soutien important de OUEST-genopole à cette démarche fédératrice devrait avoir un effet très positif en termes de dynamique, cohérence, synergie et masse critique. En effet, la mise en commun des compétences et des moyens ne peut être que hautement bénéfique dans un domaine de recherche aussi multidisciplinaire.

Projet "Génome, adaptation et environnement"

Coordinateurs : Arnaud TANGUY et Odile SERGENT

Mise en commun de compétences et méthodologies modernes : approches génomique et transcriptomique de la réponse aux stress chez les organismes.

Objectif du projet :

Créer des interactions entre équipes Mer, Agro et Santé sur des thématiques communes (ex. étude du stress oxydatif) Permettre une étude comparative des effets d’un stress sur une large échelle évolutive (de la bactérie à l’homme) Résumé - Dans le cadre de OUEST-genopole, un grand nombre de laboratoires dont les thématiques de recherche abordent, à des niveaux d’intégration divers, les impacts du stress sur les organismes vivants, se sont réunis afin de constituer un réseau fédérateur au niveau régional "Stress : Génome, environnement et adaptation". Afin de faire vivre ce réseau et de créer des interactions plus étroites entre les divers participants dont les axes de recherche très diversifiés se situent dans les trois domaines Mer, Agronomie et Santé, une volonté de créer une dynamique de recherche est apparue autour d’un sujet de recherche commun. Le recoupement des thématiques scientifiques abordées au sein de ces trois grands axes montre que parmi les nombreux sujets de recherche en cours, l’étude des effets du stress oxydatif s’avère un axe de recherche capable de réunir l’ensemble des participants. La rencontre et la fédération des différentes équipes impliquées dans le réseau stress devrait permettre de favoriser des échanges (idées, résultats, modèles, techniques, approches expérimentales…) concernant le stress en général et plus particulièrement le stress oxydatif, et ainsi structurer davantage les différentes équipes au niveau régional.

ACTION INNOVANTE 2005 : "IMAGERIE - PUCES À CELLULES"

Chaque année, les chercheurs de OUEST-genopole s'attachent à mener un nouveau projet baptisé "Action innovante". La première de ces actions innovantes a abouti à la création, en 2005, de la plate-forme "Imagerie-Puce à cellules".

La mise en place de cette plate-forme, au sein de l'unité Inserm U522, répond à la demande des biologistes et des chimistes qui ont un grand nombre de molécules à tester et souhaitent une structure pour les évaluer aux plans de leur activité biologique et de leur toxicité potentielle, avec un souci de traçabilité et de normalisation dans les tests effectués.

Responsable : Christiane GUILLOUZO

Objectif - Mettre en place une stratégie d’analyse cellulaire et de criblage à haut débit pour :

Repérer et localiser une fonction ou un ensemble de fonctions Caractériser et/ou évaluer l’action de molécules cibles sur cellule vivante, in situ et en système organisé Ouverte à tous les laboratoires de OUEST-genopole et de Cancéropôle Grand Ouest, elle est également accessible au Réseau National Genopole®.

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Plates-formes technologiques

 AU CŒUR DU RÉSEAU OUEST-GENOPOLE® :
   LES PLATES-FORMES TECHNOLOGIQUES
  

Le GIS OUEST-genopole® a reconnu 5 plates-formes technologiques, chacune pouvant avoir plusieurs spécificités et plusieurs implantations :

Pour faire face à l’éclatement géographique, une organisation cohérente et opérationnelle a été mise en place autour de ces plates-formes. Toutes sont ouvertes, à hauteur de 50%, à des demandes extérieures à l’unité d’accueil.

Chaque plate-forme est dotée d'un comité d’animation, qui a pour mission d’assurer la mise en place et le développement des outils et des compétences dans le secteur technologique qui lui est propre. Lors des recensements 2003 puis 2006 des plates-formes RIO, les plates-formes à ouverture nationale ont été différenciées des plateaux techniques à ouverture régionale ou locale. La labellisation RIO tient compte des critères définis dans la Charte des plates-formes élaborée en 2002.

Séquençage Plateaux techniques Séquençage (Roscoff, Nantes)          Plate-forme
/Génotypage Plateau technique Génotypage (Le Rheu)                     RIO émergente
Transcriptome Plate-forme RIO (Nantes)
Plateau technique (Rennes)
Protéome Plate-forme RIO Identification - Caractérisation à haut débit (Rennes)
Plateau technique Production de protéines recombinantes (Nantes)
Plateau technique Développement d'anticorps monoclonaux (Angers)
Plateau technique Puces à protéines (Nantes)
Plateau technique Interactome (Nantes)
Exploration fonctionnelle Plate-forme RIO Production de vecteurs viraux pré-cliniques (Nantes)
Plateau technique Production de vecteurs de synthèse (Rennes, Brest)
Plate-forme RIO Transgenèse Xénope (Rennes)
Plateau technique Transgenèse Rat (Nantes)
Plateau technique PRISM (Rennes)
Plateau technique Imagerie - Puces à cellules (Rennes)
Bio-informatique Plate-forme RIO (Rennes)

Formation

Une dynamique de formation au service de la recherche de Biogenouest et du développement économique de nos régions

L'une des missions de Biogenouest consiste à promouvoir une dynamique de projets spécifiques de formations adaptées aux métiers de la génomique, la bio-informatique et plus généralement des biotechnologies.

Biogenouest encourage la formation des personnels, étudiants et post-doctorants des laboratoires et entreprises du Grand Ouest et s'engage à soutenir par un label, sur son territoire, des politiques de formation qui répondent aux enjeux des biotechnologies.

Biogenouest regroupe plus de 400 doctorants en biologie.